Národné projekty realizujú inštitúcie na celonárodnej úrovni.
Riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom priamo oslovuje inštitúcie, tzv. konečných prijímateľov s návrhom na realizáciu zadefinovanej aktivity.
Inštitúcie poverené realizáciou národných projektov:
Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny SR (UPSVR SR)
Fond sociálneho rozvoja (FSR)
Ústav informácií a prognóz školstva